Según la tradición, fundado por Fernando III el Santo en 1.246, nada más reconquistar la ciudad. De ahí su nombre de "Real Monasterio". Se trata de un conjunto de grandes dimensiones, con una hermosa iglesia y un patio, tipo hacienda rural, en el acceso al conjunto de inmuebles. En el interior, bajo clausura religiosa y por lo tanto no visitable, magnífico claustro renacentista. En su parte trasera se hallaba una de las antiguas sinagogas judías de la aljama de la ciudad, convertida tras unas graves persecuciones en iglesia de Santa Cruz y anexada al templo tiempo después. Queda un lienzo de dicha sinagoga por la fachada de la calle Santa Cruz.

Video de la Cofradía de los Estudiantes en el Real Monasterio de Santa Clara, una de las tallas más veneradas de la Semana Santa jienense que se traslada, desde su ubicación en la judería, hasta la Iglesia de la Merced, desde donde sale y donde se encierra la procesión: